根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行〔2019〕11号)规定,税务机关对单位和个人未按照法律、行政法规或者委托代征协议规定履行代扣、代收、代征义务的,不得支付“三代”税款手续费。
因此,扣缴义务人未按照规定代扣代缴个人所得税,在税务机关的检查环节补缴的个人所得税不能计入“三代”手续费的基数。
下列各项个人所得,应当缴纳个人所得税:
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。